1、高位瘘管未处理
由于高位肛瘘涉及肛直环，担心手术切开或挂线后，导致便失禁，所以常常只切开齿线下的瘘管，深向直肠腔的瘘管未予处理。在临床上遇到复发病例最多的一种情况。向上的这段瘘管无论如何换药，就是反复感染，往往再次手术方法不当，术后还是复发。
2、方法不当
有些手术方法目前还处于探索阶段，效果不确定，术后复发的可能性要大。
3、内口定位错误
肛瘘外口多是显性的，内口则90%以上是隐性的。临床上寻找内口的最主要方法是从瘘管内探查或指诊触摸。由于很多肛瘘迁延日久，瘘管内反复感染形成粘连而堵塞不通，就无法通过探查和造影的方法来寻找。对于瘘管弯曲、多外口的复杂瘘同样也无法探查。如果没有一定的临床经验，没有掌握肛瘘内口的形成规律，往往在术中只切开了部分瘘管，真正的内口仍存，导致术后复发。
4、挂线术盲目人为制造内口挂线术是中医传统疗法，也是目前临床治疗肛瘘采用的最主要方法，其原理是利用胶线的弹力收缩，慢性勒割管壁，敞开瘘管而起到治疗作用。但我们发现挂线术不仅存在痛苦大、愈合时间长、对肛门括约肌损伤重等缺点外，还有相当高的复发率。
5、主灶未敞开
何谓主灶？主要的病灶，按照瘘管不同部位对治疗的重要性，我们将瘘管分为主灶和支管，主灶是由内口及与内口相连的肛管段瘘管，也是和肛门内外括约肌相伴而行的瘘管。在治疗上，主灶一定要切开。外口及与其相连的肛缘外瘘管叫支管，在治疗上，支管只要引流通畅而不必全部敞开。由于多种原因，我们在手术时或没有找到主灶或顾忌损伤括约肌影响肛门闭合功能而未能充分敞开主灶，结果创口始终不能愈合，或暂时愈合后又溃破复发。
6、遗漏支管
肛瘘手术时主灶切开重要，支管引流同样重要，如果在术中遗漏支管而没有处理，同样会造成手术失败，这种情况多发生在复杂性肛瘘和病程较长反复发作的肛瘘。复杂性肛瘘支管多，瘘管弯曲，反复发作的肛瘘瘢痕重，这都给寻找支管造成困难，术中极易遗漏而形成残存窦道，术后会反复感染不愈。
7、引流不畅
肛瘘治疗时不管是手术还是挂线，最终目的都是达到引流通畅目的，只有引流通畅瘘管才会脱落，创口肉芽才会正常生长，皮肤才会顺利覆盖。瘘管过深，切口过小过短而又没有放置引流物，或行支管旷置术时方法不当，都会造成引流不畅，创口不愈合。
8、术后假愈合
术后换药是肛瘘手术治疗的一个重要组成部分。术后肛管闭合，瘘管切口的两端很容易触碰在一起，如果长时间没有采取措施，瘘管腔并未完全肉芽填充而两端的皮肤会先生长到一起，这样的愈合形式叫桥形愈合，由于不是真正的愈合，还会造成复发，所以又叫假愈合。因此在换药时不仅要用油沙条填塞瘘管腔，还要用油沙将断端两侧的肛管皮肤隔开。
如何有效预防肛瘘复发？
1、平淡饮食，留意饮食卫生：忌食辛辣刺激性食品一月，如酒、葱、大蒜、辣椒等；而应食含纤维素丰富的食品，如青菜、竹笋等。少食鱼、虾、蟹等发物及油煎熏烤的食品；宜多食平淡易于消化的食品以及新鲜水果和新鲜蔬菜，饮食应留意纯洁，避免腹泻；水样便的粪屑易堵塞肛窦，造成感染。
2、养成良好的排便习惯，保持大便通畅：中医手术治疗肛肠疾病，历来主张自然徘便，并不要求天天一便，而是要求根据个人实际情况，随便意随时排便，不等不忍。但是，自然排便并不即是任意排便，尤其是在肛肠部手术以后的24小时内，应尽可能不要排便。逐日的大便次数控制在1-2次以内。
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