肛瘘患者都有自己切身的体会与痛苦。一旦肛瘘形成，自愈的机会极少，瘘管复杂化后，带来许多麻烦与一定的危害性。
（1）长期流脓水，致使污染内裤，肛门潮湿，而且局部皮肤受到刺激会出现皮肤瘙痒，非常痛苦，影响工作和休息。
（2）长时间不做正确治疗会使身体虚弱消瘦，精神不振，抗病能力下降，出现贫血，发作亦越加频繁，形成互为因果。
（3）由于多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而形成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来了困难，而且也影响到肛门的正常生理功能。
（4）肛瘘的多发性，可形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀胱瘘，危及周围脏器。
（5）由于长期慢性刺激，久而久之，肛瘘有恶变倾向。
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